El Club Natació Barcelona introdujo el waterpolo en España, celebrando el primer partido contra los tripulantes de un barco inglés anclado en el puerto de Barcelona en 1908.

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El CNB inspiró la creación del Comité Olímpico Español y en 1920 fundó las Federaciones Catalana y Española de Natación. Ese año se disputaron los Juegos Olímpicos de Amberes y el equipo de waterpolo del CNB representó a España. En su primera participación en unos Juegos, el combinado español finalizó en quinta posición.

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Uno de los componentes de ese equipo, Enrique Granados Cal, se convirtió poco después, ya como entrenador del CNB, en el introductor del “crol” en España. Granados descubrió este estilo al verlo practicar en los nadadores estadounidenses que competían en estos Juegos.

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Del CNB han surgido 160 deportistas olímpicos. Uno de los más destacados es el waterpolista Manel Estiarte, proclamado 7 veces mejor jugador del mundo, internacional con España en 580 ocasiones y participando en 6 Olimpiadas, quien formó parte del Club entre 1979 y 1985.

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La sección de waterpolo es la más laureada de España con 1 Copa y 1 Supercopa de Europa, 2 Copas LEN, 59 Ligas y 8 Copas del Rey españolas, entre otros títulos.

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En la actualidad, el equipo absoluto de waterpolo lucha por estar entre los primeros puestos de la Liga Nacional. Los equipos de categorías base se sitúan en los primeros puestos de la clasificación de sus respectivas ligas catalanas, así como de los campeonatos de Cataluña y España.

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Además, el CNB es el creador y organizador del torneo internacional BCN WP Under 10, una de las mayores competiciones de categoría benjamina a nivel internacional.